MySQLDumper
Wer schonmal versucht hat eine wirklich grosse Datenbank mit phpMyAdmin zum im- oder exportieren kennt sicherlich das leidige Thema der Timeouts.
An dieser Stelle springt MySQLDumper ein. Das PHP-Script kann nicht nur grosse Datenbanken im- und exportieren (es sorgt eigenständig dafür, dass keine Timeouts auftreten) sondern bietet eine Vielzahl weiterer Features. So kann MySQLDumper Backups auf bis zu 3 FTP Server verteilen, per PErl-Script auch CRON-gesteuert Backups anlegen, und vieles mehr.
Ein weiteres Highlight dürfte sein, dass das Script z.B. es auch ermöglicht Dumps von MySQL 5 in MySQL 4 zu importieren (es haben sich ja z.B. ein paar Änderungen bei den CREATE TABLE Anweisungen ergeben – MySQLDumper schreibt diese so um, dass sie auch unter Version 4 funktionieren). Ausserdem erleichtert das Script es, Datenbanken von einem Server auf einen anderen zu übertragen da es sich ggf. um abweichende Benutzernamen, Datenbanknamen und ZEichenkodierungen kümmert.
Alles in Allem dürfte das unter der GPL stehende Script eine der umfangreichsten Lösungen für das Backup von MySQL-Datenbanken über das Web sein und ist sicher mehr als nur einen Blick wert 
Kann das Teil nur empfehlen. Hatte damit noch nie Probleme und ich setze es schon einige Jährchen ein. Davor hat ich mit anderen diversen Tools immer wieder Probleme Backups (sauber) zurückzuspielen.
Ich werde demnächst mal den Sypex Dumper 2 testen (http://sypex.net/en/). Vielleicht ist es eine ganz nette Alternative dieses Tool – zumindest sieht es richtig gut aus.